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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatccatttctataagtctagtttatctgttcacacccgttttgtatcagtgccctaacccgatgaaatgcttttatggcagGTTATCTTCTTCCTAATTGTTGTTGATCGCGTCATCTATCTTTGCTCATTTGCGACTGGAAAAGTGGTATACTATCTCTTCAGTCTTATTCTCTTCACAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G48060.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116409985|gb|EG452577.1|EG452577
EST:     TATATCAGCTAGAAGACCAGTTTCCATTCGACTTTGTCATTATTCTTATG                         GTTATCTTCTTCCTAATTGTTGTTGATCGCGTCATCTATCTTTGCTCATTT
genomic: TATATCAGCTAGAAGACCAGTTTCCATTCGACTTTGTCATTATTCTTATGgtaatccatt ... tttatggcagGTTATCTTCTTCCTAATTGTTGTTGATCGCGTCATCTATCTTTGCTCATTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttcacacccgttttgtatcagtgccctaacccgatgaaatgcttttatggcagGTTATCTTCTTCCTAATTGTTGTTGATCGCGTCATCTATCTTTGCTCATTTGCGACTGGAAAAGTGGTATACTATCTCTTCAGTCTTATTCTCTTCACAT
                         ccctaac  putative branch site (score: 2)
                                         tgctttt  putative PPT
            ttttgtat  TA-rich tract