Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtcataaatggcccaatcatttgttggtctatcttaaccatttatttgacctcttgttaccttccatctggatgtctcatagatatacatgtagcctgtttgattataaatattgaatggtcatctcatgaaaacatttctagagtggcataactcatgagatatattaaactacagGAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAGAAGCACGGTCATTCAACCATGAGTACTGTGCCAAGGCTTGCACTGTTGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G39800.4
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116479708|gb|EG522300.1|EG522300
EST:     AGAGCAGAATGCTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATG                         GAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAG
genomic: AGAGCAGAATGCTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATGgtacgtcata ... taaactacagGAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAG
EST: gi|47832219|gb|CK121903.1|CK121903
EST:     AGAGCAGAATGCTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATG                         GAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAG
genomic: AGAGCAGAATGCTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATGgtacgtcata ... taaactacagGAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAG
EST: gi|86060515|gb|DR356272.1|DR356272
EST:     AGAGCAGAATGCTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATG                         GAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAG
genomic: AGAGCAGAATGCTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATGgtacgtcata ... taaactacagGAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctcatgaaaacatttctagagtggcataactcatgagatatattaaactacagGAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAGAAGCACGGTCATTCAACCATGAGTACTGTGCCAAGGCTTGCACTGTTGA
                         gcataac  putative branch site (score: 3)
                                  atgagatatattaaa  TA-rich tract