Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggtttatataattattataccgaattactgtgatgcttaagctgtttaaaagtactaaagctcaatgtatggtgccttattagGAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGTTGTGTATGCCAACGGATATATGGTGCATGCACTAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G77800.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124920408|gb|EH994126.1|EH994126
EST:     CCTTGGAGTCAACGTTCAGAAGGGGACAAATAAATCCTGTGCAGGGAATG                         GAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGTTGTGTATGCCAACGGAT
genomic: CCTTGGAGTCAACGTTCAGAAGGGGACAAATAAATCCTGTGCAGGGAATGgtgggtttat ... gccttattagGAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGTTGTGTATGCCAACGGAT
EST: gi|164127277|gb|EL997482.1|EL997482
EST:     GTGCAGGGAATG                         GAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGTTGTGTATGCCAACGGATATAT
genomic: GTGCAGGGAATGgtgggtttat ... gccttattagGAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGTTGTGTATGCCAACGGATATAT
EST: gi|163981069|gb|ES002565.1|ES002565
EST:     GTGCAGGGAATG                         GAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGTTGTGTATGCCAACGGATATAT
genomic: GTGCAGGGAATGgtgggtttat ... gccttattagGAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGTTGTGTATGCCAACGGATATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgatgcttaagctgtttaaaagtactaaagctcaatgtatggtgccttattagGAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGTTGTGTATGCCAACGGATATATGGTGCATGCACTAAG
                        tactaaa  putative branch site (score: 1)
                                              ccttatt  putative PPT
                tttaaaagtactaaa  TA-rich tract