Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggttaaatactcaacttgcctgtgaacaatgtgttgtattttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacagTTGAATTACATAGTGACAAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTGACACTTTCTGGTTTGAGACGGAGGGGTGTGACTTCAACTGCGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G25350.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
lower sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
gtgggttaa-atactcaacttgcctgtgaacaatgtgttgtattttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacagTTGAATTACATAGTGACAAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTGACACTTTCTGGTTTGAGACGGAGGGGTGTGACTTCAACTGCGA
||| | | |   | | ||| |   | |   ||| |  |   | |         |  |     |  |   |   ||  |||  | |  || | ||||||||   | | |||||| | ||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  |||||||| |||| ||||| |||||||||||  | |
gtgagctgatgcattgaacatctatatatgcaaagcttgaaactaagctttttgtgtttatattttcacatattgactctaatgtgctgttgcagTTGAACCGCCTGGTGACAGAAAAGTGGGTTGATGGTTGGGATGATCCTCGTCTTATGACATTAGCTGGTTTGCGACGTAGGGGGGTGACTTCAACATCAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacagTTGAATTACATAGTGACAAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTGACACTTTCTGGTTTGAGACGGAGGGGTGTGACTTCAACTGCGA
                         ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                 tgtttcttttcttttg  CT-rich tract
                                       ttttctttt  TA-rich tract