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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttttttctttgcttgatgatagaggaaaatccttacaaagtgttttcagtaacgggctacagtaaatactgtttcattctggatggtcatacgctgatcaattctcacttccatcagtatcttttactgtcacttgattgagttctttggtttattcttttatttggtaatcttgcagATGAGGGAAAAGACCTAAAGCTAGTTGATGCTCCTGTGTCTGGTGGTGTCAAGAGGGCTGCCATGGGGGAGCTTACG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G18270.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G18270.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os06g14740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
gtaagtttttttctttgcttgatgatagaggaaaatccttacaaagtgttttcagtaacgggctacagtaaatactgtttcatt-ctggatggtcatacgctgatcaattctcacttccatcagtatcttttactgtcacttgattgagttctttggtttattcttttatttggtaatcttgcagATGAGGGAAAAGACCTAAAGCTAGTTGATGCTCCTGTGTCTGGTGGTGTCAAGAGGGCTGCCATGGGGGAGCTTACG
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---------------------------------------------------------------------------------attgctatagagttgaa-gtcaacttttcacatattctggcaatgttgcatactg--atttgtgtga-ttaaaagaaatttggcatcattaacttttggtgcagCTGAATGCCGAGACATAAAGTTGGTTGATGCTCCGGTGTCTGGTGGTGTCAAAAGGGCAGCAGAGGGGACATTAACA

upper sequence: AT1G18270.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
lower sequence: Vv17s0000g02140.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtaagtttttttctttgcttgatgatagaggaaaatccttacaaagtgttttcagtaacgggctacagtaaatactgtttcattctggatggtcatacgctgatcaattctcacttccatcagtatcttttactgtcacttgattgagttctttggtttattcttttatttggtaatcttgcagATGAGGGAAAAGACCTAAAGCTAGTTGATGCTCCTGTGTCTGGTGGTGTCAAGAGGGCTGCCATGGGGGAGCTTACG
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----------------------------------------------------------------------------------tatgagtttcttctactcc-atgctcttgtgcttttatccgttttttatttttttggtttataatggtgttca-tacaataacccacctgcaaatggcatagATGAAAACAAGAATTTGAAATTGGTGGATGCTCCTGTTTCTGGTGGTGTCAAGAGGGCCTCCATGGGAACCCTTACG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttactgtcacttgattgagttctttggtttattcttttatttggtaatcttgcagATGAGGGAAAAGACCTAAAGCTAGTTGATGCTCCTGTGTCTGGTGGTGTCAAGAGGGCTGCCATGGGGGAGCTTACG
        acttgat  putative branch site (score: 5)
                           tttattcttttatttg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaagtttttttctttgcttgatgatagaggaaaatccttacaaagtgttttcagtaacgggctacagtaaatactgtttcattctggatggtcatacgctgatcaattctcacttccatcagtatcttttactgtcacttgattgagttctttggtttattcttttatttggtaatcttgcagATGAGGGAAAAGACCTAAAGCTAGTTGATGCTCCTGTGTCTGGTGGTGTCAAGAGGGCTGCCATGGGGGAGCTTACG

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