Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaactaatttccactaatgttttaactaagcctgatatatatcaatgaattgaatacaatattttgctcttttggtgttaaagAAACTTGCTGATGGACGCAGCCATTGGTGGCTTGAGCTATGATCTGCTATAAAAGTTGAACACATGGTAATATGGTACGCACTTAATAGGGTTCATACAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G02250.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116421368|gb|EG463960.1|EG463960
EST:     TAAACATGGAGATGCCTGAAACTGATAGAAAGCTTGTGTTTACAAAAGAG                         AAACTTGCTGATGGACCCAACCATTGGTGGCTTGAGCTATGATCTGCTATA
genomic: TAAACATGGAGATGCCTGAAACTGATAGAAAGCTTGTGTTTACAAAAGAGgtaactaatt ... ggtgttaaagAAACTTGCTGATGGACGCAGCCATTGGTGGCTTGAGCTATGATCTGCTATA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcctgatatatatcaatgaattgaatacaatattttgctcttttggtgttaaagAAACTTGCTGATGGACGCAGCCATTGGTGGCTTGAGCTATGATCTGCTATAAAAGTTGAACACATGGTAATATGGTACGCACTTAATAGGGTTCATACAA
 gcctgat  putative branch site (score: 4)
                                      ctcttttg  putative PPT
      atatatatcaatgaat  TA-rich tract