Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgcgctcttgtttcagtagattataaacaattgttaaggtgctccttttatagttgatgtctttgttgtaatattaattttgtgtttaatcgtatcagGTGATGGAGACGAGCAGAGTGGAGGAGTCACAGGGCCACATGCATAGGATCTATTTCTTAGGTCCTAATACTTTCAGTGAACCTTGGCATCTTTCTCATA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G32920.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125033925|gb|EL106194.1|EL106194
EST:     TCACTCATTTCCATTCCTCGAGTCGTTGAATGAG                         GTGATGGAGACGAGCAGAGTGGAGGAGTCACAGGGCCACATGCATAGGATC
genomic: TCACTCATTTCCATTCCTCGAGTCGTTGAATGAGgtttgcttag ... atcgtatcagGTGATGGAGACGAGCAGAGTGGAGGAGTCACAGGGCCACATGCATAGGATC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttttatagttgatgtctttgttgtaatattaattttgtgtttaatcgtatcagGTGATGGAGACGAGCAGAGTGGAGGAGTCACAGGGCCACATGCATAGGATCTATTTCTTAGGTCCTAATACTTTCAGTGAACCTTGGCATCTTTCTCATA
                  tttgttgtaatattaa  TA-rich tract