Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatgcccgttactaattcttcgtttatgttgaatttggtcgtaatgaatattcactgtttggttttgtagaaaaaatggctcagattaatgtcttgtgttatatgctacttaacaaagcttcttacatcaatcaatgtctttgtagGGGCTCAAGATGCTATCTTCAACCAGACTCTGTAAATCTAACGTCACAAGAAGCTACGAAAACTATCGATGATACCAAAAACGACAAATGTTGTACAGTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G51130.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86077729|gb|DR373486.1|DR373486
EST:     ATATAGCCACTATAACCTTGTTCCAGTAATGATGCGTATCCACCGCTGAG                         GGGCTCAAGATGCTATCTTCAACCAGACTCTGTAAATCTAACGTCACAAGA
genomic: ATATAGCCACTATAACCTTGTTCCAGTCATGATGCGTATCCACCGCTGAGgtatatgccc ... gtctttgtagGGGCTCAAGATGCTATCTTCAACCAGACTCTGTAAATCTAACGTCACAAGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttgtgttatatgctacttaacaaagcttcttacatcaatcaatgtctttgtagGGGCTCAAGATGCTATCTTCAACCAGACTCTGTAAATCTAACGTCACAAGAAGCTACGAAAACTATCGATGATACCAAAAACGACAAATGTTGTACAGTT
                            ttcttac  putative branch site (score: 2)
                                            tgtcttt  putative PPT
     tgttatat  TA-rich tract