Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtatacacgcagtgggaataaattttttcagatataatcagatcaaaaccatccactgcacaactaaagtctagctacatctttatgcagCTTGCTCGGAAATGGACACCGATTGTGTATCCAAAGCCGGATGGTGTTTTGTCGTTTGATGTGCCAACTTCTTTATACAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G43400.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86087893|gb|DR383652.1|DR383652
EST:     AAGTCCCTTTCACGCTCAAGCATGGGAAAGCAGACCACGAAGCAACAGAT                         CTTGCTCGGAAATGGACACCGATTGTGTATCCAAAGCCGGATGGTGTTTTG
genomic: AAGTCCCTTTCACGCTCAAGCATGGGAAAGCAGACCACGAAGCAACAGATgtaagtatac ... ctttatgcagCTTGCTCGGAAATGGACACCGATTGTGTATCCAAAGCCGGATGGTGTTTTG
EST: gi|116411359|gb|EG453951.1|EG453951
EST:     AAGTCCCTTTCACGCTCAAGCATGGGAAAGCAGACCACGAAGCAACAGAT                         CTTGCTCGGAAATGGACACCGATTGTGTATCCAAAGCCGGATGGTGTTTTG
genomic: AAGTCCCTTTCACGCTCAAGCATGGGAAAGCAGACCACGAAGCAACAGATgtaagtatac ... ctttatgcagCTTGCTCGGAAATGGACACCGATTGTGTATCCAAAGCCGGATGGTGTTTTG
EST: gi|116411360|gb|EG453952.1|EG453952
EST:     AAGTCCCTTTCACGCTCAAGCATGGGAAAGCAGACCACGAAGCAACAGAT                         CTTGCTCGGAAATGGACACCGATTGTGTATCCAAAGCCGGATGGTGTTTTG
genomic: AAGTCCCTTTCACGCTCAAGCATGGGAAAGCAGACCACGAAGCAACAGATgtaagtatac ... ctttatgcagCTTGCTCGGAAATGGACACCGATTGTGTATCCAAAGCCGGATGGTGTTTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatcagatcaaaaccatccactgcacaactaaagtctagctacatctttatgcagCTTGCTCGGAAATGGACACCGATTGTGTATCCAAAGCCGGATGGTGTTTTGTCGTTTGATGTGCCAACTTCTTTATACAG
                          aactaaa  putative branch site (score: 2)
 catcttt  putative PPT
 atctttat  TA-rich tract