Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagaaccatctaaatatgacatagaaatatctttctcggtttagctgttcttgattggaacaggtgatgtggtctttctgcgtttgatccatgctaatgctgcactttcttttgtttgtctgtctttaacagTCATATGATGGTATGATTATCGGTGAGCATTCACGAGAAACAGATCTTGAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G31060.3
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116424469|gb|EG467061.1|EG467061
EST:     TGATGAGTTTGGAAGCTCGTGGAATTCTCTTTGTGTCTCCGGGGCTGGAT                         TCATATGATGGTATGATTATCGGTGAGCATTCACGAGAAACAGATCTTGAT
genomic: TGATGAGTTTGGAAGCTCGTGGAATTCTCTTTGTGTCTCCGGGGCTGGATgtgagaacca ... tctttaacagTCATATGATGGTATGATTATCGGTGAGCATTCACGAGAAACAGATCTTGAT
EST: gi|125304811|gb|EL318896.1|EL318896
EST:     TGATGAGTTTGGAAGCTCGTGGAATTCTCTTTGTGTCTCCGGGGCTGGAT                         TCATATGATGGTATGATTATCGGT
genomic: TGATGAGTTTGGAAGCTCGTGGAATTCTCTTTGTGTCTCCGGGGCTGGATgtgagaacca ... tctttaacagTCATATGATGGTATGATTATCGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgcgtttgatccatgctaatgctgcactttcttttgtttgtctgtctttaacagTCATATGATGGTATGATTATCGGTGAGCATTCACGAGAAACAGATCTTGAT
              tgctaat  putative branch site (score: 2)
                           ctttcttttgtttgtc  putative PPT
                            tttctttt  TA-rich tract