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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaggtcttcgtatccttccttttgctgttttgtccaagtactttgtattaacgtttaagtcttcgtttggcttttctagACTCGGAAGTATTTAGATGCTTGGTGTGTTTTCTTTTGGGCAACAACACCAACTCTTTTTTCTCTTTGCACTTTTGGTCTCTTTGCTCTGATGGGTCATC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G07680.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G07680.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv09s0018g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
---------------------gttaggtcttcgtatccttccttttgctgt----tttgtccaagtactttgtattaacgtttaagtcttcgtttggcttttct----agACTCGGAAGTATTTAGATGCTTGGTGTGTTTTCTTTTGGGCAACAACACCAACTCTTTTTTCTCTTTGCACTTTTGGTCTCTTTGCTCTGATGGGTCATC
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gtatgaaatgtactttaattcatagagttcttacaacagtactgttaatatattcttctttcaaatgcctggattaatcgtccatccttatgtttctccttttttattagACACGGAAGTATTTAGATGCCTGGTGTGTATTCTTTTGGGCAACAACACCAACTCTTTTCTCTTTGTTCACATTCGGCCTCTTTACATTGATGGGATATC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgttttgtccaagtactttgtattaacgtttaagtcttcgtttggcttttctagACTCGGAAGTATTTAGATGCTTGGTGTGTTTTCTTTTGGGCAACAACACCAACTCTTTTTTCTCTTTGCACTTTTGGTCTCTTTGCTCTGATGGGTCATC
                     tattaac  putative branch site (score: 1)
                                              cttttct  putative PPT
                 tttgtattaa  TA-rich tract