Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacgttacttctagtactattttctcaatgtcatccttagcttttggttttcttgaaaactgaatgtatgtcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTCGAAGACCTCTTCCTCGTGCTGCTGCAACAATTGGAGCTTGGTTAAACA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G73020.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G73020.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv09s0002g02590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtaa-cgttacttctagtactattttct---------caatgtcatccttagcttttggttttcttgaaaactgaatgtatgtc--------ttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTCGAAGACCTCTTCCTCGTGCTGCTGCAACAATTGGAGCTTGGTTAAACA
||||    | ||| |||| ||   ||           ||  ||  |  | |   |      | | ||||| |||||  | ||||        ||   |||| ||||||||  ||||| ||| || ||||  | |||||  | |  |   |    || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
gtaaataattcttttagtgctcccttacaccacagtgcagagttgttttgaatgtcaaaagtacatgaaatctgaagttttgtccaaacaagttgtgcagAACAATGTAACAGAAATCAGAGCAGATGCGCTGAAGCTGCTTGCCATGTTGAAGAGGCCAGTTCCTCGTGCTGCTGCAACAATTGGAGCTTGGCTTAACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116436487|gb|EG479079.1|EG479079
EST:     ATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
genomic: ATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: gi|86080135|gb|DR375892.1|DR375892
EST:     TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: gi|116436490|gb|EG479082.1|EG479082
EST:     GATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
genomic: GATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: gi|116436480|gb|EG479072.1|EG479072
EST:     TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: gi|116436488|gb|EG479080.1|EG479080
EST:     TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAG
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAG
EST: gi|116436489|gb|EG479081.1|EG479081
EST:     TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: gi|116436474|gb|EG479066.1|EG479066
EST:     TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: gi|116436486|gb|EG479078.1|EG479078
EST:     TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTT
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTT
EST: gi|116436481|gb|EG479073.1|EG479073
EST:     CTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG                         AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
genomic: CTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatgtcatccttagcttttggttttcttgaaaactgaatgtatgtcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTCGAAGACCTCTTCCTCGTGCTGCTGCAACAATTGGAGCTTGGTTAAACA
                                            gtcttac  putative branch site (score: 3)
                      ttttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaacgttacttctagtactattttctcaatgtcatccttagcttttggttttcttgaaaactgaatgtatgtcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTCGAAGACCTCTTCCTCGTGCTGCTGCAACAATTGGAGCTTGGTTAAACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT