Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcttccctttttttggaaccttaattattaatattgtgggcctctatggtgatgtaaattgtgtttcttggttgttgcagCTCAAATGCGCTGCCTGGAGAATACCGGAAGTTGATGACTGATCCCTCATCCCCGATACTTAAATTTTACCCTGCTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G54490.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164224934|gb|EL970442.1|EL970442
EST:     CTTTTGACCAGTTAATGGGAACCCTGCCGGCTGCAAG                         CTCAAATGCGCTGCCTGG
genomic: CTTTTGACCAGTTAATGGGAACCCTGCCGGCTGCAAGgttcttccct ... gttgttgcagCTCAAATGCGCTGCCTGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattaatattgtgggcctctatggtgatgtaaattgtgtttcttggttgttgcagCTCAAATGCGCTGCCTGGAGAATACCGGAAGTTGATGACTGATCCCTCATCCCCGATACTTAAATTTTACCCTGCTG
 tattaat  putative branch site (score: 2)
                          atgtaaatt  TA-rich tract