Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agccctttagccataatggggaattactgtaagctgtaaatcggttttttggatttttatggtgagatgaaattaaaactctttttgtttccgttgacagTTGAGTGGTTCTGGAATTGGCCAACCTGCATTACAGCTTTCTTCTCCCCTACAGCTTCAACAGAAAAATGAAGTGCCAAGTGTGCCATCTAACGAGGCAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02080.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116401566|gb|EG444158.1|EG444158
EST:     CCTCTGTTTCACACCCTGGTCCCTCACAATCTTTCCCTGGAAATGGCGAG                         TTGAGTGGTTCTGGAATTGGCCAACCTGCATTACAGCTTTCTTCTCCCCTA
genomic: CCTCTGTTTCACACCCTGGTCCCTCACAATCTTTCCCTGGAAATGGCGAGgtaggatttg ... ccgttgacagTTGAGTGGTTCTGGAATTGGCCAACCTGCATTACAGCTTTCTTCTCCCCTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttggatttttatggtgagatgaaattaaaactctttttgtttccgttgacagTTGAGTGGTTCTGGAATTGGCCAACCTGCATTACAGCTTTCTTCTCCCCTACAGCTTCAACAGAAAAATGAAGTGCCAAGTGTGCCATCTAACGAGGCAA
                                 ctctttttgtttccgt  CT-rich tract
                        aaattaaaactctttt  TA-rich tract