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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgattcaaatctaaattcggttttttcattagttcttggaaattgaaattcccttcctaaaaggctacagtaatctatagGAAGATGTGAAGCTTTGACCGCTCAAAATGAAGCCTCACCTGCAGAAGGTATAGAAAAAGAACTAGAAAATGCCAAACTGCGGAATAAACGAATGAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G66030.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcattagttcttggaaattgaaattcccttcctaaaaggctacagtaatctatagGAAGATGTGAAGCTTTGACCGCTCAAAATGAAGCCTCACCTGCAGAAGGTATAGAAAAAGAACTAGAAAATGCCAAACTGCGGAATAAACGAATGAAG
                             tcctaaa  putative branch site (score: 2)
              aaattgaaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaattgattcaaatctaaattcggttttttcattagttcttggaaattgaaattcccttcctaaaaggctacagtaatctatagGAAGATGTGAAGCTTTGACCGCTCAAAATGAAGCCTCACCTGCAGAAGGTATAGAAAAAGAACTAGAAAATGCCAAACTGCGGAATAAACGAATGAAG

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