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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttttcactactctttttactaaggtatagttacttactccgtttacctgaatcaaagcttatttgattattatatggttattgaaacgtacagATGATGAGAAGAGGTTGAATGCTACATACATAGTTAGTGTCGCAAGAAAGCTCGGTTGTTCGGTTTTCTTGTTACCTGAAGATATCGTGGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G26700.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G26700.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA14G02090.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
-------------------gttttcactactctttttactaaggtatagttacttactccgtttacctgaatcaaagcttatttga-ttattatatggttattgaaacgtacagATGATGAGAAGAGGTTGAATGCTACATACATAGTTAGTGTCGCAAGAAAGCTCGGTTGTTCGGTTTTCTTGTTACCTGAAGATATCGTGGAG
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gtatgattctttatagggatattaaacagatcctttgtataacatgtaataacttgctacttttttc---gtccctcctaaattggcttaatttgttgttattg-------tagATGATGAGAAGAGGTTGAATGCCACTTATATAATCAGTGTTGCACGGAAGCTCGGTTGTTCCATATTTTTGTTACCTGAGGATATTATGGAG

upper sequence: AT4G26700.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA02G46580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
---------------------gttttcactactctttttactaaggtatagttacttactccgtttacctgaatcaaagcttatttga-ttattatatggttattgaaacgtacagATGATGAGAAGAGGTTGAATGCTACATACATAGTTAGTGTCGCAAGAAAGCTCGGTTGTTCGGTTTTCTTGTTACCTGAAGATATCGTGGAG
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gtatgattccttttatagggatattaaactgatactttctataacatgtaataacttgctactttttcc---atccctcctaaattggcttaatttgttgttattg-------tagATGATGAGAAGAGGTTGAATGCCACTTATATAATCAGCGTTGCACGGAAGCTCGGTTGTTCTATATTTTTGTTACCTGAGGATATTATGGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccgtttacctgaatcaaagcttatttgattattatatggttattgaaacgtacagATGATGAGAAGAGGTTGAATGCTACATACATAGTTAGTGTCGCAAGAAAGCTCGGTTGTTCGGTTTTCTTGTTACCTGAAGATATCGTGGAG
                      atttgat  putative branch site (score: 5)
                    ttatttgattattata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gttttcactactctttttactaaggtatagttacttactccgtttacctgaatcaaagcttatttgattattatatggttattgaaacgtacagATGATGAGAAGAGGTTGAATGCTACATACATAGTTAGTGTCGCAAGAAAGCTCGGTTGTTCGGTTTTCTTGTTACCTGAAGATATCGTGGAG

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