Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagctcttttaaagaatatctttctcatcatgaatatatgtgtgaaactcgtattgatgtatatatgtgtgaatggcagACTCGAAGAGTCGATGACCTTAGGCAGAGGCTTCGGATGAGAGGTTTAAGGTGCAACATTGTCTATACTCATGCAGCAACAAGGCTAAATGTTATACCAC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G10120.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125314420|gb|EL328505.1|EL328505
EST:     ATGCTATGCAATTTCTGTGAAACAAGGAGTCAAG                         ACTCGAAGAGTCGATGACCTTAGGCAGAGGACTTCGGATGAGAGGTTTAAG
genomic: ATGCTATGCAATTTCTGTGAAACAAGGAGTCAAGgtagctcttt ... tgaatggcagACTCGAAGAGTCGATGACCTTAGGCAGAGG-CTTCGGATGAGAGGTTTAAG
EST: gi|125171293|gb|EL194256.1|EL194256
EST:     GTTCATGCAGTACAAGATGCTATGCAATTTCTGTGAAACAAGGAGTCAAG                         ACTCGAAGAGT
genomic: GTTCATGCAGTACAAGATGCTATGCAATTTCTGTGAAACAAGGAGTCAAGgtagctcttt ... tgaatggcagACTCGAAGAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatcatgaatatatgtgtgaaactcgtattgatgtatatatgtgtgaatggcagACTCGAAGAGTCGATGACCTTAGGCAGAGGCTTCGGATGAGAGGTTTAAGGTGCAACATTGTCTATACTCATGCAGCAACAAGGCTAAATGTTATACCAC
                           tattgat  putative branch site (score: 3)
                           tattgatgtatatat  TA-rich tract