Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccatgttttgttattgtaagtaatggccactagcagtgaaagattgttgaataacttgatcttcttgcagGCCCGTATATTTGAGGGTAAAGAGCCTCCACAATTTGTTGCACTTTTTCAACATATGGTTGTCCTTAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G57410.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86063709|gb|DR359466.1|DR359466
EST:     ACAAATTCGTTGAAGGGAAGACCAGTGCAG                         GCCCGTATATTTGAGGGTAAAGAGCCTCCACAATTTGTTGCACTTTTTCAA
genomic: ACAAATTCGTTGAAGGGAAGACCAGTGCAGgtaccatgtt ... cttcttgcagGCCCGTATATTTGAGGGTAAAGAGCCTCCACAATTTGTTGCACTTTTTCAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagtaatggccactagcagtgaaagattgttgaataacttgatcttcttgcagGCCCGTATATTTGAGGGTAAAGAGCCTCCACAATTTGTTGCACTTTTTCAACATATGGTTGTCCTTAAG
                                            tcttcttgc  CT-rich tract
                               ttgaataa  TA-rich tract