Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttgtatgctgtttacaagatgaggatgaagttgattttagtcgcaagagaatatacagtgattaatatggcttacatggactttttagGGTGGTTTGAGCTCTGGGTACAAAAGCAGTATGGGAGAGTCAGAGTCAACAGACGAAACCTACACGCCAGAATCAATTGCACTAGTTCAAGTATCTGGAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G41740.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86064606|gb|DR360363.1|DR360363
EST:     AAGAGCCTCCACAATTTGTTGCCCTTTTTCAACCTATGGTGGTCTTAAAG                         GGTGGTTTGAGCTCTGGGTACAAAAGCAGTATGGGAGAGTCAGAGTCAACA
genomic: AAGAGCCTCCACAATTTGTTGCCCTTTTTCAACCTATGGTGGTCTTAAAGgtatttgtat ... gactttttagGGTGGTTTGAGCTCTGGGTACAAAAGCAGTATGGGAGAGTCAGAGTCAACA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttagtcgcaagagaatatacagtgattaatatggcttacatggactttttagGGTGGTTTGAGCTCTGGGTACAAAAGCAGTATGGGAGAGTCAGAGTCAACAGACGAAACCTACACGCCAGAATCAATTGCACTAGTTCAAGTATCTGGAA
                                   ggcttac  putative branch site (score: 3)
                                               cttttt  putative PPT
                         tgattaatat  TA-rich tract