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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgagaattttatacgagtgatggtgaattgctttacttttgtcttgttaataacctcatatgcaaacacaaacagATGGTTTGCCATCACCTTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAATAGCTGCAGAGGATATATTGCATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G67550.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G67550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
lower sequence: 13114.m00153 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
gtatgagaattttatacgagtgatggtgaattgctttacttttgtcttgttaataacctcatatgcaaacacaaacagATGGTTTGCCATCACCTTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAATAGCTGCAGAGGATATATTGCATG
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--gtaaacttctcatcttgccgatgcttattttcttaaaatataac-----aataattt-gtgcttgctccactccagATGGTCTGCCATCACCTCGATAGAAATATCCCAGAAGATGTAGCATTTGCCGAGTCTAGAATTCGAGCTGAAACAATAGCTGCTGAGGATATCTTGCATG

upper sequence: AT1G67550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G461569_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtatgagaat-tttatacgagtgatggtgaattgctttacttttgtcttgttaataacctcatatgcaaacacaaacagATGGTTTGCCATCACCTTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAATAGCTGCAGAGGATATATTGCATG
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gtatgcaattatccaattcagcactgtagatacagtgtacaattttcatggtaata---tgttgtgattata-gtgcagATGGTTTGTCACCACCTTGATAAAAACATTCCAGAAGATGTAGCATTTGCCGAGTCTAGAATTCGAGCTGAAACAATTGCTGCTGAGGACATATTGCATG

upper sequence: AT1G67550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA11G37250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtatgaga-attttatacgagtgatggtgaattgctt-tacttttgtcttgttaataacctcatatgcaaacacaaacagATGGTTTGCCATCACCTTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAATAGCTGCAGAGGATATATTGCATG
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gtatgcaacaaatcacaaaagtaatagtgtacagcttgtgctatttggctcttaatttgcgctcgtatga---tgtacagATGGTCTGCCATCATCTTAATAAGAATATTCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAATTGCTGCTGAAGATATTTTACATG

upper sequence: AT1G67550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv01s0010g02760.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtatgagaattttatacgagtg-atggtgaattgctttacttttgtcttgttaataacctcatatgcaaacacaaacagATGGTTTGCCATCACCTTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAATAGCTGCAGAGGATATATTGCATG
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gtatgaaaagattatgaagatatatggtaactttttggacagttgacttgtaaattg------atctgattacatgcagATGGTCTGCCATCACCTTGATAAGGATATTCCAGAAGATGTAGCCTTTGCTGAATCACGAATAAGAGCTGAAACAATTGCTGCTGAAGACATTTTGCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtgaattgctttacttttgtcttgttaataacctcatatgcaaacacaaacagATGGTTTGCCATCACCTTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAATAGCTGCAGAGGATATATTGCATG
                           taataac  putative branch site (score: 1)
                       ttgttaataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtatgagaattttatacgagtgatggtgaattgctttacttttgtcttgttaataacctcatatgcaaacacaaacagATGGTTTGCCATCACCTTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAATAGCTGCAGAGGATATATTGCATG

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