1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtaacttcttctgcttgagttcatcttacagctaccaaaagtcatgtagaaactaataccaatatcaaaacgttcgaagttgatttggctgacttaaagatattgatctctaaccatcatttgaaaagtctaaagctttcaagttcatttcccaaagctgtttttatgatattttgtcttgtgtattctcagTTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATGGAGAGAACGAAGAGACGAGGTTCGATGTGCAGAGAAGTACAAGGAGATA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G52940.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGACTTGATGCTTGCTCTGTCCTTCAGTTTGCCATGTGGAATAAG TTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATGEST: gi|164014903|gb|ES185931.1|ES185931
genomic: CGACTTGATGCTTGCTCTGTCCTTCAGTTTGCCATGTGGAATAAGgtaacttctt ... gtattctcagTTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATG
EST: CTTCAGTTTGCCATGTGGAATAAG TTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATGEST: gi|86080366|gb|DR376123.1|DR376123
genomic: CTTCAGTTTGCCATGTGGAATAAGgtaacttctt ... gtattctcagTTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATG
EST: CTTGGCGACTTGATGCTTGCTCTGTCCTTCAGTTTGCCATGTGGAATAAG TTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATG
genomic: CTTGGCGACTTGATGCTTGCTCTGTCCTTCAGTTTGCCATGTGGAATAAGgtaacttctt ... gtattctcagTTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATG
ttcaagttcatttcccaaagctgtttttatgatattttgtcttgtgtattctcagTTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATGGAGAGAACGAAGAGACGAGGTTCGATGTGCAGAGAAGTACAAGGAGATA
tattctc CT-rich tract
tgtttttatgatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacttcttctgcttgagttcatcttacagctaccaaaagtcatgtagaaactaataccaatatcaaaacgttcgaagttgatttggctgacttaaagatattgatctctaaccatcatttgaaaagtctaaagctttcaagttcatttcccaaagctgtttttatgatattttgtcttgtgtattctcagTTCTCCGGTTCCATATTTCTACCCGATATACCTTCTGATACTATTGATATGGAGAGAACGAAGAGACGAGGTTCGATGTGCAGAGAAGTACAAGGAGATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT