Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaatgtctctgtctcttaacatatagctgaacaagttttgatgaatgagttaatgctgtaatgttgttgtgtactaatgaattagGTAGTGGACGATCCAACAAGTGTGGATGGTACAACTCGGGAGAGACTATCGAGCGAAGACCCTGAGCTGTTGGAGGAAGAACGCTCGAAACTAATCCAGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G52180.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86084027|gb|DR379786.1|DR379786
EST:     AACCGTTTATAGGACCTAACAAAGACGGCCATACCAACAATTACGCTAAA                         GTAGTGGACGATCCAACAAGTGTGGATGGTACAACTCGGGAGAGACTATCG
genomic: AACCGTTTATAGGACCTAACAAAGACGGCCATACCAACAATTACGCTAAAgtaaaaatgt ... aatgaattagGTAGTGGACGATCCAACAAGTGTGGATGGTACAACTCGGGAGAGACTATCG
EST: gi|124964009|gb|EL038305.1|EL038305
EST:     AACCGTTTATAGGACCTAACAAAGACGGCCATACCAACAATTACGCTAAA                         GTAGTGGACGATCCAACAAGTGTGGATGG
genomic: AACCGTTTATAGGACCTAACAAAGACGGCCATACCAACAATTACGCTAAAgtaaaaatgt ... aatgaattagGTAGTGGACGATCCAACAAGTGTGGATGG
EST: gi|124896699|gb|EH972913.1|EH972913
EST:     AACCGTTTATAGGACCTAACAAAGACGGCCATACCAACAATTACGCTAAA                         GTAGTGGACGATCCAACAAGTG
genomic: AACCGTTTATAGGACCTAACAAAGACGGCCATACCAACAATTACGCTAAAgtaaaaatgt ... aatgaattagGTAGTGGACGATCCAACAAGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaagttttgatgaatgagttaatgctgtaatgttgttgtgtactaatgaattagGTAGTGGACGATCCAACAAGTGTGGATGGTACAACTCGGGAGAGACTATCGAGCGAAGACCCTGAGCTGTTGGAGGAAGAACGCTCGAAACTAATCCAGT
                                         tactaat  putative branch site (score: 1)
                                            taatgaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaaaatgtctctgtctcttaacatatagctgaacaagttttgatgaatgagttaatgctgtaatgttgttgtgtactaatgaattagGTAGTGGACGATCCAACAAGTGTGGATGGTACAACTCGGGAGAGACTATCGAGCGAAGACCCTGAGCTGTTGGAGGAAGAACGCTCGAAACTAATCCAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC