1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtaacattaacatccatttgagtttttttttggctctgtgaagctatcagaagcttttatctccttgggaaataggctttagataactgaaccgagagaacttaatcgttgtatgatatctctgggggatgtgttatgcagCACCCTACTGTTGCAGAATGTTGCGTGTTGGGGTTAACAGACAACGACTATGGAGAAGCCGTGACTGCGATAATTATAGCAGAGAGTGCAGCAAAGAAGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G16170.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAGGATACAAGTTATCTGCCTTAGAAATCGAATCAACCCTTCTCGAG CACCCTACTGTTGCAGAATGTTGCGTGTTGGGGTTAACAGACAACGACTATEST: gi|164137071|gb|ES005468.1|ES005468
genomic: TTGGAGGATACAAGTTATCTGCCTTAGAAATCGAATCAACCCTTCTCGAGgtaacattaa ... tgttatgcagCACCCTACTGTTGCAGAATGTTGCGTGTTGGGGTTAACAGACAACGACTAT
EST: TTGGAAGATACAAGTTATCTGCCTTAGAAATCGAATCAACCCTTCTCGAG CACCCTACTGTTGCAEST: gi|124840194|gb|EH924633.1|EH924633
genomic: TTGGAGGATACAAGTTATCTGCCTTAGAAATCGAATCAACCCTTCTCGAGgtaacattaa ... tgttatgcagCACCCTACTGTTGCA
EST: TTGGAGGATACAAGTTATCTGCCTTAGAAATCGAATCAACCCTTCTCGAG CACCCTACTGTTGCAGAAATGTTGCGTGTTGGGGTTAA
genomic: TTGGAGGATACAAGTTATCTGCCTTAGAAATCGAATCAACCCTTCTCGAGgtaacattaa ... tgttatgcagCACCCTACTGTTGCAGAA-TGTTGCGTGTTGGGGTTAA
ctgaaccgagagaacttaatcgttgtatgatatctctgggggatgtgttatgcagCACCCTACTGTTGCAGAATGTTGCGTGTTGGGGTTAACAGACAACGACTATGGAGAAGCCGTGACTGCGATAATTATAGCAGAGAGTGCAGCAAAGAAGA
acttaat putative branch site (score: 4)
aacttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacattaacatccatttgagtttttttttggctctgtgaagctatcagaagcttttatctccttgggaaataggctttagataactgaaccgagagaacttaatcgttgtatgatatctctgggggatgtgttatgcagCACCCTACTGTTGCAGAATGTTGCGTGTTGGGGTTAACAGACAACGACTATGGAGAAGCCGTGACTGCGATAATTATAGCAGAGAGTGCAGCAAAGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG