Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgtaatatcatgaacatacatcagcttatatggttttctatctgattaatctttcctggaagataggatcttaatctcatattcttgcagGCATTCGAGTATGGGCTACTTCCTGGCTTGGCCATTAGTGCTATGGAACA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G43400.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116411359|gb|EG453951.1|EG453951
EST:     GGGATTCATGGGTGTGGAAGGAGCTCTACGCAGCTCGAAACTATCGTCCT                         GCATTCGAGTATGGGCTACTTCCTGGCTTGGCCATTAGTGCTATGGAACA
genomic: GGGATTCATGGGTGTGGAAGGAGCTCTACGCAGCTCGAAACTATCGTCCTgttcgtaata ... attcttgcagGCATTCGAGTATGGGCTACTTCCTGGCTTGGCCATTAGTGCTATGGAACA
EST: gi|116411360|gb|EG453952.1|EG453952
EST:     GGGATTCATGGGTGTGGAAGGAGCTCTACGCAGCTCGAAACTATCGTCCT                         GCATTCGAGTATGGGCTACTTCCTGGCTTGGCCATTAGTGCTATGGAACA
genomic: GGGATTCATGGGTGTGGAAGGAGCTCTACGCAGCTCGAAACTATCGTCCTgttcgtaata ... attcttgcagGCATTCGAGTATGGGCTACTTCCTGGCTTGGCCATTAGTGCTATGGAACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctatctgattaatctttcctggaagataggatcttaatctcatattcttgcagGCATTCGAGTATGGGCTACTTCCTGGCTTGGCCATTAGTGCTATGGAACA
                                 tcttaat  putative branch site (score: 3)
                                            tattctt  putative PPT
         attaatcttt  TA-rich tract