1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtatccttctttagaggttcccttaatcattaatattccaccaaattactttaaatagttcagattttttcttatctgtatccaaaatccgaatcctttccgtggcttaacagtagcgtagcaatgtctcagcattgtaaaaccttgagttcctttacacatttccagACATTGCGCTTGTGAAAAACAATGCCCTTATCGGTTCTCAGATTGCAGTAGCCCTTTCTCAGCTGATGTGAGCTTCCTTATCAATCCCAGACTCAAGCTC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G50510.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U12 (go to U12 genes for details) |
EST: CTTACTTGCACGGGTAAATGAGTTAACCGGAGGCACATCACTTGCAGCAA ACATTGCGCTTGTGAAAAACAATGCCCTTATCGGTTCTCAGATTGCAGTAG
genomic: CTTACTTGCACGGGTAAATGAGTTAACCGGAGGCACATCACTTGCAGCAAgtatccttct ... acatttccagACATTGCGCTTGTGAAAAACAATGCCCTTATCGGTTCTCAGATTGCAGTAG
tagcgtagcaatgtctcagcattgtaaaaccttgagttcctttacacatttccagACATTGCGCTTGTGAAAAACAATGCCCTTATCGGTTCTCAGATTGCAGTAGCCCTTTCTCAGCTGATGTGAGCTTCCTTATCAATCCCAGACTCAAGCTC
ttcctttac putative branch site
catttcc putative PPT
attgtaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatccttctttagaggttcccttaatcattaatattccaccaaattactttaaatagttcagattttttcttatctgtatccaaaatccgaatcctttccgtggcttaacagtagcgtagcaatgtctcagcattgtaaaaccttgagttcctttacacatttccagACATTGCGCTTGTGAAAAACAATGCCCTTATCGGTTCTCAGATTGCAGTAGCCCTTTCTCAGCTGATGTGAGCTTCCTTATCAATCCCAGACTCAAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT