Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctgcaatgttactgtaccctggttatctgtcctgtgtatatatctatatatttcttagatttagttgatgctttccttttctcctcaacagAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTATTCTGGTCTCCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATACTGTCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G31360.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G31360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv02s0087g00070.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
----------------------gtatgctgca-atgttactgtaccctggttatctgtcc---tgtgtatatatctatatatttcttagatttagttgatgctttcct-------tttctcctcaacagAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTATTCTGGTCTCCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATACTGTCAG
                       |||  |  | ||     ||||   |   ||| | |     | ||||| ||| ||| ||| |  |     || ||||||  |||          || | || | |||||||| ||||||||||| ||| |||||||  | ||||||||||| || ||||||  ||| ||||||
gtaaacctttctttggtattccatattttatatatacatatgtattttatatatatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatactcttactatttgatgagttctggatgaaactttttctgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAGAATTCTGGATTGCAAAATCTCTATGACATAGTACAATATTGTCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatatctatatatttcttagatttagttgatgctttccttttctcctcaacagAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTATTCTGGTCTCCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATACTGTCAG
                          agttgat  putative branch site (score: 5)
                            ttgatgctttcctttt  CT-rich tract
     atctatatatttctta  TA-rich tract