Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcaattcatatggaaaagtaacgacaaagtacattcttgaatttggctcgtctgactttgtgaatcctattcaattcacagGGATTTGAGTGACAATGAGCTTGTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAATCTCTCATTTACCGGAAAGTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G62230.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86063079|gb|DR358836.1|DR358836
EST:     ACGGGTAGAATTCCAGAAGTTATTGGTCTAATGCAGGCTCTTGCTGTTTT                         GGATTTGAGTGACAATGAGCTTGTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAA
genomic: ACGGGTAGAATTCCAGAAGTTATTGGTCTAATGCAGGCTCTTGCTGTTTTgtaagttcaa ... caattcacagGGATTTGAGTGACAATGAGCTTGTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAA
EST: gi|86063083|gb|DR358840.1|DR358840
EST:     GGGTAGAAATTCCAGAAGTTATTGGTCTAATGCAGGGCTCTTGCTGTTTT                         GGATTTGAGTGACAATGAAGCTTGTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCA
genomic: GGGTAGAA-TTCCAGAAGTTATTGGTCTAATGCAGG-CTCTTGCTGTTTTgtaagttcaa ... caattcacagGGATTTGAGTGACAATGA-GCTTGTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagtacattcttgaatttggctcgtctgactttgtgaatcctattcaattcacagGGATTTGAGTGACAATGAGCTTGTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAATCTCTCATTTACCGGAAAGTT
                       gtctgac  putative branch site (score: 3)
                                      tcctattc  putative PPT
                                         tattcaatt  TA-rich tract