Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagtttacttttccttaatatgttatggtggtggcagacttctttgcttacatattttcaaagtgcagATTGTTTTAAAGGATGAAAGTGATATTGATCCCAATGATCAAAACTCAATTCTGGAACACTTGGATAAAGTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G54260.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G54260.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv19s0014g03680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtaaagtttacttttccttaatatgttatggtggtggcagacttctttgcttacat-attttcaaagtgcagATTGTTTTAAAGGATGAAAGTGATATTGATCCCAATGATCAAAACTCAATTCTGGAACACTTGGATAAAGTG
||||     | | |   ||  | |  | |  |      |    | ||  || || | || ||     ||||||||||  |||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||| |||||  | || ||||||
gtaag--ccattgtcattttgtttcatctt-taaaaatatttctgttgactcacttgatgtttgtgatgcagATTGTGCTAAAGGATGAAGCTGACATTGATCCAAATGATCAAACTTCAATTCTTGAACATCTAGACAAAGTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttaatatgttatggtggtggcagacttctttgcttacatattttcaaagtgcagATTGTTTTAAAGGATGAAAGTGATATTGATCCCAATGATCAAAACTCAATTCTGGAACACTTGGATAAAGTG
                               tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                       tattttc  CT-rich tract
                                  ttacatattttcaaa  TA-rich tract