Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttccattcaccaatacatattttactaacatatgaatttaaattgctaaggtagtcttgttcatgactcttttggttgcatcaaacaaaattgtagGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTTGAATTGAATGTATTCAAGCCGGTTATCGCAAGCGCTCTCTTACAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G50950.3
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G50950.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv14s0060g01700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
----gtaagttccattcaccaatacatattttactaacatatgaatttaaattgctaaggtagtcttgttcatgactcttttggttgcatcaaacaaaatt-gtagGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTTGAATTGAATGTATTCAAGCCGGTTATCGCAAGCGCTCTCTTACAT
     |  |||   ||    || |  || ||| |||     || |   |   |  |    | ||| |  | ||       |||||   |  |       || | ||||||||||||||||||| ||| | ||| | ||||| || ||||||||||||||  | ||||||| ||||||| | || || ||||  ||||||| |
atacttttgttttgttgtataacaagtacttt-ctagttggtgtaagcatcattatggaattgtcatactaata-----cttggtcaaacaaggagttctttgcagGTTATGGGAAACCATGTGGCCATTACAGTGGGTGGATCAAATGGTCATTTTGAGCTCAATGTATACAAGCCGCTGATTGCTAGCGGCCTCTTACGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116422670|gb|EG465262.1|EG465262
EST:     GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA                         GTTATGGGAAACCATGTAGCCGT
genomic: GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAAgtaagttcca ... aaaattgtagGTTATGGGAAACCATGTAGCCGT
EST: gi|116467405|gb|EG509997.1|EG509997
EST:     GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA                         GTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTT
genomic: GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAAgtaagttcca ... aaaattgtagGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTT
EST: gi|116428257|gb|EG470849.1|EG470849
EST:     GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA                         GTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTT
genomic: GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAAgtaagttcca ... aaaattgtagGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTT
EST: gi|116456305|gb|EG498897.1|EG498897
EST:     GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA                         GTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTT
genomic: GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAAgtaagttcca ... aaaattgtagGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTT
EST: gi|116428316|gb|EG470908.1|EG470908
EST:     GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA                         GTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTC
genomic: GAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAAgtaagttcca ... aaaattgtagGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgctaaggtagtcttgttcatgactcttttggttgcatcaaacaaaattgtagGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTTGAATTGAATGTATTCAAGCCGGTTATCGCAAGCGCTCTCTTACAT
                                         aaacaaaatt  TA-rich tract