Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaatgcaattttttcctatggttcttatgtcctttccctctgcggctctgcctataccttttatttttcatagattttgattcaattgaattttaatctatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G50950.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G50950.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os03g21950.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
gtatgaatgcaattttttcctatggttcttatgtcctttccctctgcggctctgcctataccttttatttttcatagattttgattcaattgaattttaatctatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
                    || |  | |  ||   ||      | | | |   |   || |  |    | ||| ||  || | || || |  | ||    | ||||  |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| 
-------------------gtaagactgtattgcatttgattgtttcagtttctcaattagcactgtgctatca-agcattggttttaact--actt----ccatcttacagGGAAAAGTTAACCCTACCCAGTGTGAGGCCTTGACCATGGTTTGTGCTCAG

upper sequence: AT5G50950.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv14s0060g01700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
-------gtatgaatgcaattttttcctatggttcttatgtcctttccctctgcggctctgcctataccttttatttttcatagattttgattcaattg--aattttaatctatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
        | |   |  ||   ||   | | |||| | | |  |||||   ||  |        |  | |||||| ||| |||   |  || | ||||   |  | ||   | | |   |||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| 
gtgagttctttacctaaaaccattcttttttgttcatttctaatttcc---tgttgacaaagaaaggctttttatatttaatattctgggagttaattttcatgtatagcttctattcgagGGAAAGGTCAATCCAACACAGTGTGAGGCTCTGACTATGGTCTGTGCTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116422670|gb|EG465262.1|EG465262
EST:     TTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAGTATTATGCCT                         GGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
genomic: TTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAGTATTATGCCTgtatgaatgc ... tatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
EST: gi|116467405|gb|EG509997.1|EG509997
EST:     TTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAGTATTATGCCT                         GGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
genomic: TTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAGTATTATGCCTgtatgaatgc ... tatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
EST: gi|116428257|gb|EG470849.1|EG470849
EST:     AACCAGGAAGCAGTATTATGCCT                         GGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
genomic: AACCAGGAAGCAGTATTATGCCTgtatgaatgc ... tatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
EST: gi|116456305|gb|EG498897.1|EG498897
EST:     TTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAGTATTATGCCT                         GGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
genomic: TTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAGTATTATGCCTgtatgaatgc ... tatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
EST: gi|116428316|gb|EG470908.1|EG470908
EST:     TTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGGATGAACCAGGAAGCAGTATTATGCCT                         GGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
genomic: TTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAGTATTATGCCTgtatgaatgc ... tatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataccttttatttttcatagattttgattcaattgaattttaatctatctctcagGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAA
                                     ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                           tctatctctc  CT-rich tract
     ttttatttttcataga  TA-rich tract