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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattaatcacactttgaccaacttcaaagtaaattatatgcaagaagatgcttctttctgtttccatttcaatcattttaaacctaaacagctatcaattttgtttcttttaagGTCACATCTGGAATGAGCCCTGCATTTAACCGTTATGGATGTACTTTGATCG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G27410.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116467245|gb|EG509837.1|EG509837
EST:     GGATGTTTGACAATACACATATAAGATTGTCTCTAACTCGAGGCAAAAAG                         GTCACATCTGGAATGAGCCCTGCATTTAACCGTTATGGATGTACTTTGATC
genomic: GGATGTTTGACAATACACATATAAGATTGTCTCTAACTCGAGGCAAAAAGgtattaatca ... ttcttttaagGTCACATCTGGAATGAGCCCTGCATTTAACCGTTATGGATGTACTTTGATC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttccatttcaatcattttaaacctaaacagctatcaattttgtttcttttaagGTCACATCTGGAATGAGCCCTGCATTTAACCGTTATGGATGTACTTTGATCG
                      acctaaa  putative branch site (score: 3)
                                       ttttgtttctttt  putative PPT
                                 tatcaattttgtttct  TA-rich tract