Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttatgcacacattttgatctgtttattactaaaaaaaactgtttcccagaaaatacacatctcattcatatcatttcttgcacctcatagGTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTGGCTCGACAAGCCGTCACTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G25070.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116426422|gb|EG469014.1|EG469014
EST:     AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAG                         GTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
genomic: AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAGgtttatgcac ... cacctcatagGTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
EST: gi|116426415|gb|EG469007.1|EG469007
EST:     AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAG                         GTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
genomic: AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAGgtttatgcac ... cacctcatagGTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
EST: gi|116426421|gb|EG469013.1|EG469013
EST:     AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAG                         GTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
genomic: AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAGgtttatgcac ... cacctcatagGTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
EST: gi|116426413|gb|EG469005.1|EG469005
EST:     AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAG                         GTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
genomic: AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAGgtttatgcac ... cacctcatagGTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
EST: gi|116426408|gb|EG469000.1|EG469000
EST:     AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAG                         GTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
genomic: AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAGgtttatgcac ... cacctcatagGTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
EST: gi|116426418|gb|EG469010.1|EG469010
EST:     AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAG                         GTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG
genomic: AGAGTATGCTTGCTGTTGAAACGGGATTACGAGAGATAGCATCCTTGAAGgtttatgcac ... cacctcatagGTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaactgtttcccagaaaatacacatctcattcatatcatttcttgcacctcatagGTTGAGGATGCTGTAATGCTTGCACTTTCCCGGTATAGACAGACAAATGTGGCTCGACAAGCCGTCACTG
                                      tttcttgc  CT-rich tract
                                atatcattt  TA-rich tract