Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acataaagataaagtaggtaagatcctatagtaatgagcgcagtagatatatatggtcagccaaatccatgcataaaattagtcttttgctatcatttagGGGCTATTGAAACTGGGGTCAGATGGCATTAAGCGTTGGGCATATGGAGGGGACTTTGGTGACCAGCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTCAATGGGCTTA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G54440.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G54440.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv13s0067g03000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
acataaagataaagtaggtaagatcctatagtaatgagcgcagtagatatatatggtcagccaaatccatgcataaaattagtcttttgc---tatcatttagGGGCTATTGAAACTGGGGTCAGATGGCATTAAGCGTTGGGCATATGGAGGGGACTTTGGTGACCAGCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTCAATGGGCTTA
   |   ||   |||   |  |    | |  |  || | |  ||   | | | | |      |  ||  |  |       ||  ||||||   |  |||  |||||||  ||||  | ||  |||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||
--ctcttgagtgagtgtatgtgtctttgtgtttgtgtgtgt-gtgtgtgtgttttggagatgatgtcactagaaggttaaagaattttgcactttccatacagGGGCTGCTGAAGGTTGGTGCAGATGGTGCTAAGCATTGGGCATATGGAGGTGACTTTGGGGATATCCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTGAATGGCATTA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatatatatggtcagccaaatccatgcataaaattagtcttttgctatcatttagGGGCTATTGAAACTGGGGTCAGATGGCATTAAGCGTTGGGCATATGGAGGGGACTTTGGTGACCAGCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTCAATGGGCTTA
                                     tcttttgct  CT-rich tract
                           ataaaattagtctttt  TA-rich tract