Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtgaatggtcttggtggtttgattattaaagtcttgatcttctggaattccatgattttagtgactatgtttctttcttcagATTGTTTTCTTTGGCATAGACAACATACATGCAATGAGGGAGAGCTTTTCCCGCGTTAGAGATTATTTAGATATGCACGGTACAACATCATCCGATGGGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G10550.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G10550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv13s0074g00300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
------------------------------gttagtgaatggtcttggtggt--ttgattattaaagtcttgatcttctg-gaattccatgattttagtga---ctatgtttctt------tcttcagATTGTTTTCTTTGGCATAGACAACATACATGCAATGAGGGAGAGCTTTTCCCGCGTTAGAGATTATTTAGATATGCACGGTACAACATCATCCGATGGGA
                               ||  | |       ||    |  ||  ||  ||| |   || |||| |  |  |    |  ||||  | |    |  |||| ||      || |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||  | || || || ||||| |   | || ||  | ||||| ||||| |
gtctgtctatggtttgagctattctcctctcttgatcataaaatgtgacattccttacttgctaatgatctgttcttttatgtgtgatttatttttgataagattttcgttttttggtcattcatcagATAGTTTTCTTTGGGATAGACAATATACATGCAATGAGGGAGAGTTTTGCTCGGCTCAGGGACTACTTAGACACTTATGGCACTGCTTCATCAGATGGAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaagtcttgatcttctggaattccatgattttagtgactatgtttctttcttcagATTGTTTTCTTTGGCATAGACAACATACATGCAATGAGGGAGAGCTTTTCCCGCGTTAGAGATTATTTAGATATGCACGGTACAACATCATCCGATGGGA
    tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                     ctatgtttctttcttc  putative PPT
                        atgatttta  TA-rich tract