Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagaaacctcttcttttaagctaaataactagacatctcttacttaacatcatatttttcaaccttttgttcagATGGATGTTCAAACTAAGTGAATGGACACACTTATCAACTTATGACGTTGGTTTGAATACTGGTTCAAGTGCTTCATATATTGTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G57190.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G57190.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G146996_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
------------------gtgagaaacctcttcttttaagct--aaataactagacatctcttact--taacatcatatttttcaaccttt--tgttcagATGGATGTTCAAACTAAGTGAATGGACACACTTATCAACTTATGACGTTGGTTTGAATACTGGTTCAAGTGCTTCATATATTGTG
                   ||   |   |||  | || ||    ||||| |  || |       |   | | |  ||| |     |  | |  ||| ||| ||||||||||| || ||||||||| |||| ||||| || ||||| ||||||||| |  |||| || |  |||||| ||||| ||
tctctatttgctaattccctggccattttctcttgtttagtatgaaatatcatgaaagtatgagcaagttatactatagtcacatagttgtcatgtgcagGTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTATCCACGTATGATGTTGGTTTGCACTCTGGCTCTACAGCTTCACATATTCTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctaaataactagacatctcttacttaacatcatatttttcaaccttttgttcagATGGATGTTCAAACTAAGTGAATGGACACACTTATCAACTTATGACGTTGGTTTGAATACTGGTTCAAGTGCTTCATATATTGTG
                                   tttttcaacctttt  CT-rich tract
                        ttaacatcatattttt  TA-rich tract