1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtatatgttccattgacataattattacagcatctggttttatgctgatatatgtcctttttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTTAGCTATGATGATACAGCTCCAAACCAAACACCACAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G32630.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTG GCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAA-GCAGCAAATCCCTTTGATCTTEST: gi|116405912|gb|EG448504.1|EG448504
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttc ... ttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTT
EST: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGCAGEST: gi|116405919|gb|EG448511.1|EG448511
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGT---Ggtatatgttc ... ttcttagc
EST: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTG GCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTTEST: gi|116405914|gb|EG448506.1|EG448506
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttc ... ttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTT
EST: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTG GCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATTTTEST: gi|116405920|gb|EG448512.1|EG448512
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttc ... ttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTT
EST: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTG GCTATGGGAGCCT
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttc ... ttcttagcagGCTATGGGAGCCT
acataattattacagcatctggttttatgctgatatatgtcctttttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTTAGCTATGATGATACAGCTCCAAACCAAACACCACAA
tgctgat putative branch site (score: 3)
tatgtcctttttctt CT-rich tract
attattaca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatgttccattgacataattattacagcatctggttttatgctgatatatgtcctttttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTTAGCTATGATGATACAGCTCCAAACCAAACACCACAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC