Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcatgtagcatctttgatcgaaaagtataattggaggaagacgcttccagtcttatgagtgttaatactatttcttagatattaatgggcttaagtagctgacttggttttagtccaggaattgatacaaaattgctgtctgtttgttccttgaacagGAAAAATTGAAAGAGAAAAAGCAATCAGTCACAGACCCACTTACACAAACGCTACAAACAATGTACAAAGCCGGGTGTTTGAATCTTGTTGACGTTATAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G35630.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125244124|gb|EL258209.1|EL258209
EST:     AACACATTTCTCTGCTAGTTCACGGTTTATGCTGCCTGTTTTACTT                         GAAAAATTGAAAGAGAAAAAGCAATCAGTCACAGACCCACTTACACAAACG
genomic: AACACATTTCTCTGCTAGTTCACGGTTTATGCTGCCTGTTTTACTTgtgagtcatg ... ccttgaacagGAAAAATTGAAAGAGAAAAAGCAATCAGTCACAGACCCACTTACACAAACG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggttttagtccaggaattgatacaaaattgctgtctgtttgttccttgaacagGAAAAATTGAAAGAGAAAAAGCAATCAGTCACAGACCCACTTACACAAACGCTACAAACAATGTACAAAGCCGGGTGTTTGAATCTTGTTGACGTTATAG
                aattgat  putative branch site (score: 4)
                                   tctgtttgttcctt  putative PPT
                aattgatacaaaatt  TA-rich tract