Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtatataccttgtttgataccaaatcgttttagaaattttatcaagctcattggattattggtcacataattctggattcgttgttccaacttgattatgatcagGTTCATGATGATCCTCTAAGTGCTCCAGTTGATGGTCCAACTCAATGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G79500.5
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G79500.4 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv19s0085g00720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtagtatataccttgtttgataccaaatcgttttagaaattttatcaagctcattggattattggtcacataa-ttctggattcgttgttccaacttgattatgatcagGTTCATGATGATCCTCTAAGTGCTCCAGTTGATGGTCCAACTCAATGG
  |  | |  || ||  |   |  |  |||  ||  ||    ||||    |  ||||    ||  |  | ||| || | |  |  |     |  |||  | |||   |||| ||  |||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||
--atcaaaagccctggattccatgatttcgcgttgtaa----tatc---ttttttggtcccttatttccttaacttttagtcttctaagggctgctttgtgatgtctagGTGCACAATGATCCTCTAAATGCTCCAGTCGACGGTCCAACACAATGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggattattggtcacataattctggattcgttgttccaacttgattatgatcagGTTCATGATGATCCTCTAAGTGCTCCAGTTGATGGTCCAACTCAATGG
                                       acttgat  putative branch site (score: 5)
              acataatt  TA-rich tract