Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcatggcattttacttttccaaatgaatactatgtggcttgcaatgttaattagtatcttggctactatgaatactatgtaataggtttctactgtgcagGTGATTTACTTATGCTTTTGAATGTTTCATCTGCTGAGGGTGTTTTGTTAACAACGTATGGCAAGTTGCAACCACCTCTTGGAAAACACAGATTAAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G30470.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G30470.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA15G13580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
----tcatggcattttacttttccaaatgaatactatgtggcttgcaatgttaattagtatcttggctactatgaatactatgtaataggtttctactgtgcagGTGATTTACTTATGCTTTTGAATGTTTCATCTGCTGAGGGTGTTTTGTTAACAACGTATGGCAAGTTGCAACCACCTCTTGGAAAACACAGATTAAAG
       |   | | ||| ||      |   || | ||| | ||   ||  | | | ||      |     |  ||| |    |     | |  |||| ||||||||||||||| | ||| ||  ||||||| ||||||||   | | ||| |||| || | ||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||
atgtgtgtctgaatgtacattcttttttctttattttgtagtttt--attgtgactggttctaaaggagaaaaaaatgcctgat--ctagctcttactctgcagGTGATTTACTCAAGCTCTTAGATGTTTCTTCTGCTGAAAATCTCTTGCTAACTACTTTTGGCAAGTTACAACCACCTCTTGGTAAACATCGTTTAAAG

upper sequence: AT1G30470.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv10s0003g04630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
tcatggcattttacttttccaaatgaatactatgtggct-tgcaatgttaattagtatcttggctactatga-----atactatgtaataggtttctactgtgcagGTGATTTACTTATGCTTTTGAATGTTTCATCTGCTGAGGGTGTTTTGTTAACAACGTATGGCAAGTTGCAACCACCTCTTGGAAAACACAGATTAAAG
     |  | |  ||  || ||  || |   |||    | | | | |||    |     |||| |||||  |     | | | | |   | | ||||  | || ||||||||| || | ||||||  ||||||||||||  ||| || | ||| |||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |  | |||
-----gtgtgtctctaatc-aagggattggaatgcatttcttcgaagttttgaaaatctttggttactacaacaaaaaaaatgtttgtcatggttctgttttgtagGTGATTTGCTCAAGCTTTTAGATGTTTCATCTGAGGAGAGTCTCTTGCTAACTACTTATGGAAAGTTGCAGCCACCTCTTGGAAAGCACCGTCTGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttaattagtatcttggctactatgaatactatgtaataggtttctactgtgcagGTGATTTACTTATGCTTTTGAATGTTTCATCTGCTGAGGGTGTTTTGTTAACAACGTATGGCAAGTTGCAACCACCTCTTGGAAAACACAGATTAAAG
 tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                         tttctact  putative PPT
                         aatactatgtaata  TA-rich tract