1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tgtgggttttgtcgcttctttggtaaaatggatctctctgtgagaaagtgacgatcatgatcttaggtttttgattcttatatcgattgttcatttgcagGACTTTGATTAGGTTTTTGGAGATTTACAAAAATGTCGAACATAGACATAGAAGGAATATTGAAGGAGCTACCTAATGATGGGAGGACTCCTAAGACTAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G63680.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGGCGGCTTTCACACTCCAGNNNNNNNNCACAGAAGCTACGTTTTTCAG GACTTTGATTAGGTTTTTGGAGATTTACAAAAATGTCGAACATAGACATAG
genomic: CCGGCGGCTTTCACACTCCAGAAAAAAAACACAGAAGCTACGTTTTTCAGgtaatatgaa ... tcatttgcagGACTTTGATTAGGTTTTTGGAGATTTACAAAAATGTCGAACATAGACATAG
aagtgacgatcatgatcttaggtttttgattcttatatcgattgttcatttgcagGACTTTGATTAGGTTTTTGGAGATTTACAAAAATGTCGAACATAGACATAGAAGGAATATTGAAGGAGCTACCTAATGATGGGAGGACTCCTAAGACTAA
ttttgat putative branch site (score: 4)
ttcattt putative PPT
tttttgattcttatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtgggttttgtcgcttctttggtaaaatggatctctctgtgagaaagtgacgatcatgatcttaggtttttgattcttatatcgattgttcatttgcagGACTTTGATTAGGTTTTTGGAGATTTACAAAAATGTCGAACATAGACATAGAAGGAATATTGAAGGAGCTACCTAATGATGGGAGGACTCCTAAGACTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - ggttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - tctctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtttttg