1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aactcttaccgaaattttcaactttgctagtagaaatataagactctaacgtagtgaaatgataaaactcttaaaccgaaattttcaactttgcttgtagAGATAAAAGATGGGCTTTTACAAAAATGCAGAACCCCACAGGCCTACCTAGGCCCAATAAGATTACCTCTATACACTGAAGAAAAGGAAAAAACTGAAGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G48580.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACAGAGGAGAAGATTGAAGGAAGAGTCAGTGGGAGCAGATTTGGATAAG AGATAAAAGATGGGCTTTTACAAAAATGCAGAACCCCACAGGCCTACCTAG
genomic: TACAGAGGAGAAGATTGAAGGAAGAGTCAGTGGGAGCAGATTTGGATAAGgtaagcaaat ... ttgcttgtagAGATAAAAGATGGGCTTTTACAAAAATGCAGAACCCCACAGGCCTACCTAG
ctaacgtagtgaaatgataaaactcttaaaccgaaattttcaactttgcttgtagAGATAAAAGATGGGCTTTTACAAAAATGCAGAACCCCACAGGCCTACCTAGGCCCAATAAGATTACCTCTATACACTGAAGAAAAGGAAAAAACTGAAGA
ctctaac putative branch site (score: 2)
ctttgctt putative PPT
ataaaactcttaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aactcttaccgaaattttcaactttgctagtagaaatataagactctaacgtagtgaaatgataaaactcttaaaccgaaattttcaactttgcttgtagAGATAAAAGATGGGCTTTTACAAAAATGCAGAACCCCACAGGCCTACCTAGGCCCAATAAGATTACCTCTATACACTGAAGAAAAGGAAAAAACTGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
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- - - - ccgaaat
- - - - - - - - - - - - - - - -agaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctaac
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