1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...tttatgcagtggaatgtgagcagaatgtttgttttcgaagcagaaaagttttttactggacagaggaaaaactcggtttcggacttttttggtgtttcagGTATATGATACAGACAATGTTAATCAAAAGGAAAAGTTTGAGGCGGACTTGAAGAAGGAAATCAAGAAGCTGCAGCGGTATAGAGACCAGATCAAGACAT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G18230.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAGAAGGTTCAAGAAGGTGTTGATGTTTTCGACAGCATCTGGAACAAGTGGEST: gi|116424325|gb|EG466917.1|EG466917
genomic: TGAAGAAGGTTCAAGAAGGTGTTGATGTTTTCGACAGCATCTGGAACAA---Ggtaacgtttc ... ggtgtttc
EST: TGAAGAAGGTTCAAGAAGGTGTTGATGTTTTCGACAGCATCTGGAACAAGTGGEST: gi|116424325|gb|EG466917.1|EG466917
genomic: TGAAGAAGGTTCAAGAAGGTGTTGATGTTTTCGACAGCATCTGGAACAA---Ggtaacgtttc ... ggtgtttc
EST: TGAAGAAGGTTCAAGAAGGTGTTGATGTTTTCGACAGCATCTGGAACAAGTGGEST: gi|116424325|gb|EG466917.1|EG466917
genomic: TGAAGAAGGTTCAAGAAGGTGTTGATGTTTTCGACAGCATCTGGAACAA---Ggtaacgtttc ... ggtgtttc
EST: TGAAGAAGGTTCAAGAAGGTGTTGATGTTTTCGACAGCATCTGGAACAAGTGG
genomic: TGAAGAAGGTTCAAGAAGGTGTTGATGTTTTCGACAGCATCTGGAACAA---Ggtaacgtttc ... ggtgtttc
aagttttttactggacagaggaaaaactcggtttcggacttttttggtgtttcagGTATATGATACAGACAATGTTAATCAAAAGGAAAAGTTTGAGGCGGACTTGAAGAAGGAAATCAAGAAGCTGCAGCGGTATAGAGACCAGATCAAGACAT
cttttttg CT-rich tract
actttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttatgcagtggaatgtgagcagaatgtttgttttcgaagcagaaaagttttttactggacagaggaaaaactcggtttcggacttttttggtgtttcagGTATATGATACAGACAATGTTAATCAAAAGGAAAAGTTTGAGGCGGACTTGAAGAAGGAAATCAAGAAGCTGCAGCGGTATAGAGACCAGATCAAGACAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - agcagaa
- - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtttcg