Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagactttcttaaatgaattgcttttgataattttcagttttcattagtcgattgtgtagtcgagcttccaaagctggatccttcaaaattccttagtgttggtgtttgattcagTTCGATGATGTAAAAACTCAAATAAGAGTGATTCTAGAATGGGAAATTTTCTATAGAAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G17530.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgagcttccaaagctggatccttcaaaattccttagtgttggtgtttgattcagTTCGATGATGTAAAAACTCAAATAAGAGTGATTCTAGAATGGGAAATTTTCTATAGAAAG
                                            gtttgat  putative branch site (score: 5)
                      ttcaaaatt  TA-rich tract