Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cattaatttcaacggttacacgttttttttctttgctttagatttgttataatttggttgttctaatattcataaccttggagttttggtattacttcagGTGTTTTGGACACTTGTTGTCAAGAAGAAACCAGTTTTGGTTCTGATTAATCGTTGGTTGGAAAATATACTCAATTCCAGGCCATGCCTTCACTTCAACT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G39850.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116455491|gb|EG498083.1|EG498083
EST:     TTCGTTTATCCCTCCCGGAGACACTCCTTGGTCGAATCTCTCATGCTGAG                         GTGTTTTGGACACTTGTTGTCAAGAAGAAACCAGTTTTGGTTCTGATTAAT
genomic: TTCGTTTATCCCTCCCGGAGACACTCCTTGGTCGAATCTCTCATGCTGAGgtaattcgtc ... attacttcagGTGTTTTGGACACTTGTTGTCAAGAAGAAACCAGTTTTGGTTCTGATTAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttataatttggttgttctaatattcataaccttggagttttggtattacttcagGTGTTTTGGACACTTGTTGTCAAGAAGAAACCAGTTTTGGTTCTGATTAATCGTTGGTTGGAAAATATACTCAATTCCAGGCCATGCCTTCACTTCAACT
                        tcataac  putative branch site (score: 2)
                                              ttacttc  putative PPT
               ttctaatattcataa  TA-rich tract