Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gattctcttgtgcattcctcgaattttggaacctcattgggtgctttatatgatcatacgaaaccatgttgaatccttggattgcattggatgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTATGGGAGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAATCTATTGTCCCTGTTGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G34720.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S1_66V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
gattctcttgtgcattcctcgaattttggaacctcattgggtgctttatatgatcatacgaaaccatgttgaatccttggattgcattggatgttatt-----agGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTATGGGAGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAATCTATTGTCCCTGTTGT
     |   || ||    |   |   || |   | |||   |  |||  |   | ||    |||  |  || |  ||   |  ||  ||| || | ||     ||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||| || || ||||| || ||||| || ||| | || |||||||||||||||||||| || || || ||
----gtagcgtacaagattttcaccgtgcagtttaattttcttatttggagcgtgattttgaact-tcctggactctgacaaagcggtggttggttttgattcagGCATGGGCGCTGCATATGGAACAGCCAAGAGTGGAGTGGGAGTGGCATCCATGGGTGTGATGCGGCCAGAGTTGGTGATGAAATCTATCGTGCCAGTAGT

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ14420 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
--------------------------------------------------------------------gattctcttgtgcattc-ctcgaattttgga---acctcattgggtgctttatatg--atcatac-gaaaccatgtt----gaatccttggattgc--attggatgttatt---agGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTATGGGAGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAATCTATTGTCCCTGTTGT
                                                                    |    |    ||| |   || |     ||||    |||   || | | |||   ||  |  || | || |    | |     ||| |     || |  || | || || ||   ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||| | || ||| | ||||||||||| || || || || ||
gtaagttcttgcctctcaccgccatggctggactggatctagggttgtggtgcgtgtctcggctgcgcggcattgcaatgcctgagcttgggccatggattcgccttcctgcgcgatttccttgccacaatcccgagatttcgatcccaaaattccccattttcttatggaattttctttgcagGCATGGGAGCTGCCTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGAGTGGCATCCATGGGCGTGATGCGGCCGGAGCTCGTGATGAAATCGATCGTGCCAGTGGT

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ26016 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
--------------------------------------------------------------------gattctcttgtgcattc-ctcgaattttgga---acctcattgggtgctttatatg--atcatac-gaaaccatgtt----gaatccttggattgc--attggatgttatt---agGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTATGGGAGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAATCTATTGTCCCTGTTGT
                                                                    |    |    ||| |   || |     ||||    |||   || | | |||   ||  |  || | || |    | |     ||| |     || |  || | || || ||   ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||| | || ||| | ||||||||||| || || || || ||
gtaagttcttgcctctcaccgccatggctggactggatctagggttgtggtgcgtgtctcggctgcgcggcattgcaatgcctgagcttgggccatggattcgccttcctgcgcgatttccttgccacaatcccgatatttcgatcccaaaattccccattttctcatggaattttctttgcagGCATGGGAGCTGCCTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGAGTGGCGTCCATGGGCGTGATGCGGCCGGAGCTCGTGATGAAATCGATCGTGCCAGTGGT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86023887|gb|DR319640.1|DR319640
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|116461745|gb|EG504337.1|EG504337
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023909|gb|DR319662.1|DR319662
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023910|gb|DR319663.1|DR319663
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023899|gb|DR319652.1|DR319652
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023914|gb|DR319667.1|DR319667
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023915|gb|DR319668.1|DR319668
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|116452298|gb|EG494890.1|EG494890
EST:     TGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: TGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023897|gb|DR319650.1|DR319650
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTC
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023883|gb|DR319636.1|DR319636
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023884|gb|DR319637.1|DR319637
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023898|gb|DR319651.1|DR319651
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023912|gb|DR319665.1|DR319665
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023907|gb|DR319660.1|DR319660
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|47830959|gb|CK120643.1|CK120643
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023890|gb|DR319643.1|DR319643
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGSTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|125125709|gb|EL171144.1|EL171144
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTG
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTG
EST: gi|86023904|gb|DR319657.1|DR319657
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023917|gb|DR319670.1|DR319670
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|124717333|gb|EH808735.1|EH808735
EST:     CCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: CCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023916|gb|DR319669.1|DR319669
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023885|gb|DR319638.1|DR319638
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCACTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023892|gb|DR319645.1|DR319645
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023918|gb|DR319671.1|DR319671
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023891|gb|DR319644.1|DR319644
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023886|gb|DR319639.1|DR319639
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023893|gb|DR319646.1|DR319646
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|116380211|gb|EG422803.1|EG422803
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023906|gb|DR319659.1|DR319659
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023896|gb|DR319649.1|DR319649
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|124907402|gb|EH981482.1|EH981482
EST:     CTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: CTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|47832243|gb|CK121927.1|CK121927
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023902|gb|DR319655.1|DR319655
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
EST: gi|86023911|gb|DR319664.1|DR319664
EST:     AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCT                         GTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA
genomic: AGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCTGCAGCCGCACTCGTTTTCTCCTgtaatttcat ... atgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatatgatcatacgaaaccatgttgaatccttggattgcattggatgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTATGGGAGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAATCTATTGTCCCTGTTGT
                                             atgttatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gattctcttgtgcattcctcgaattttggaacctcattgggtgctttatatgatcatacgaaaccatgttgaatccttggattgcattggatgttattagGTATGGGAGCTGCTTATGGAACCGCAAAGAGTGGTGTTGGTGTGGCTTCTATGGGAGTTATGAGACCTGAGTTGGTGATGAAATCTATTGTCCCTGTTGT

- - - - - - - - - - - attttgg
- - - - - - - - - - - - - - -aacctca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaccat