1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ttgtatagtttgattgattgtttctgtagtttatttctgggtttagttagttgtgttgcaatttctgaccttttgtttgaaatgggattatgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTCAGAAGGTGTTTCATCTTATGAACTTTGTCGTCAATGGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G21790.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|301502535|gb|HO208075.1|HO208075
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|86038985|gb|DR334740.1|DR334740
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCSGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|86038987|gb|DR334742.1|DR334742
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|86038988|gb|DR334743.1|DR334743
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGAGATTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|86038990|gb|DR334745.1|DR334745
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGNGGGGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|86038984|gb|DR334739.1|DR334739
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|152035134|gb|BP845781.2|BP845781
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTAATEST: gi|116408117|gb|EG450709.1|EG450709
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTACCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|86038989|gb|DR334744.1|DR334744
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|152035186|gb|BP847194.2|BP847194
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTCCCGCCGTTGCTCTT GTCCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTGGGACTACTEST: gi|86038982|gb|DR334737.1|DR334737
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGATTGGACTACTEST: gi|86038983|gb|DR334738.1|DR334738
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|116479083|gb|EG521675.1|EG521675
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|86038986|gb|DR334741.1|DR334741
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTEST: gi|86038991|gb|DR334746.1|DR334746
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT GTTCAACTGATAAGGRTCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
gttagttgtgttgcaatttctgaccttttgtttgaaatgggattatgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTCAGAAGGTGTTTCATCTTATGAACTTTGTCGTCAATGGAG
ttctgac putative branch site (score: 2)
attatgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtatagtttgattgattgtttctgtagtttatttctgggtttagttagttgtgttgcaatttctgaccttttgtttgaaatgggattatgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACTCAGAAGGTGTTTCATCTTATGAACTTTGTCGTCAATGGAG
- - - agtttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtttag