1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaatattactagcgatctggaaccgtttcctaggatttgattggtttagatcgattcgattttgattttggttttggttttggctagTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTACAGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G16143.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTGTTGAGAAGAAG TTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTEST: gi|164013978|gb|ES010246.1|ES010246
genomic: ACTGTTGAGAAGAAGgtaatattac ... ttttggctagTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGT
EST: TCAACTGTTGAGAAGAAG TTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTEST: gi|116411698|gb|EG454290.1|EG454290
genomic: TCAACTGTTGAGAAGAAGgtaatattac ... ttttggctagTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGT
EST: CTCAATTCGCTCCTTCTTCTGTTCCTGCTTCATCAACTTTTGAGAAGAAG TTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTEST: gi|164028478|gb|ES109091.1|ES109091
genomic: CTCAATTCGCTCCTTCTCCTGTTCCTGCTTCATCAACTGTTGAGAAGAAGgtaatattac ... ttttggctagTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGT
EST: ACTGTTGAGAAGAAG TTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTEST: gi|164123938|gb|ES171080.1|ES171080
genomic: ACTGTTGAGAAGAAGgtaatattac ... ttttggctagTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGT
EST: ACTGTTGAGAAGAAG TTGGAGAGTTTGCCTGGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAG
genomic: ACTGTTGAGAAGAAGgtaatattac ... ttttggctagTTGGAGAGTTTGCCT-GCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAG
ggatttgattggtttagatcgattcgattttgattttggttttggttttggctagTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTACAGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGC
ttttgat putative branch site (score: 4)
attttgatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatattactagcgatctggaaccgtttcctaggatttgattggtttagatcgattcgattttgattttggttttggttttggctagTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTACAGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC