Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtccgatttctatggttcaatcacaatcttactaaaccggattcacttaaccggttaaaatttttgttgattgggtcaattttggttttggatgttgttgcagAGGAAATTGAGAAATTATTCCCTAATTTATTTGGACAACCATCAGCTTTATTGGTTCCTAACCAATCTAATGAAGTTTCATCGGATCAAAAGCTTAAGAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G04040.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164071673|gb|ES118269.1|ES118269
EST:     TCATCGATGGTCCTCCAAGCTCCTCCGCCGGACATCCAG                         AGGAAATTGAGAAATTATTCCCTAATTTATTTGGACAACCATCAGCTTTAT
genomic: TCATCGATGGTCCTCCAAGCTCCTCCGCCGGACATCCAGgtccgatttc ... gttgttgcagAGGAAATTGAGAAATTATTCCCTAATTTATTTGGACAACCATCAGCTTTAT
EST: gi|164188785|gb|ES027806.1|ES027806
EST:     CCAAGCTCCTCCGCCGGACATCCAG                         AGGAAATTGAGAAATTATTCCCTAATTTATTTGGACAACCATCAGCTTTAT
genomic: CCAAGCTCCTCCGCCGGACATCCAGgtccgatttc ... gttgttgcagAGGAAATTGAGAAATTATTCCCTAATTTATTTGGACAACCATCAGCTTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaccggttaaaatttttgttgattgggtcaattttggttttggatgttgttgcagAGGAAATTGAGAAATTATTCCCTAATTTATTTGGACAACCATCAGCTTTATTGGTTCCTAACCAATCTAATGAAGTTTCATCGGATCAAAAGCTTAAGAT
      ttaaaatttttgttga  TA-rich tract