Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttaacaattaatttcttttgaattcatgcatatacgtttaccctttttggttggttctgttttggttttattgaaattgattatgtgtgtacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAGAAGCGATTGCAGTGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCTCCAAGAGC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G02260.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86055208|gb|DR350965.1|DR350965
EST:     GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCG                         TGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATG
genomic: GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCGgtgcgttttc ... tacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATG
EST: gi|125056239|gb|EL126047.1|EL126047
EST:     GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCG                         TGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGA
genomic: GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCGgtgcgttttc ... tacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGA
EST: gi|86047762|gb|DR343517.1|DR343517
EST:     GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCG                         TGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGBGAATG
genomic: GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCGgtgcgttttc ... tacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttggttggttctgttttggttttattgaaattgattatgtgtgtacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAGAAGCGATTGCAGTGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCTCCAAGAGC
                              aattgat  putative branch site (score: 4)
                     ttttattgaaattgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttaacaattaatttcttttgaattcatgcatatacgtttaccctttttggttggttctgttttggttttattgaaattgattatgtgtgtacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATGCAAGAAGCGATTGCAGTGCTCTCTCCTGTGCTTGGAAAGCTCCAAGAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC