Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcttgaaacaatctgattcgttaatactgagaacaatgtatttgtgaattgtttgatttgtggatttagccttctctgtttatggttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCAAGGTTTGTGTTGTGGAATGGGAAATTGAGGCCGGTTCCATCGAAGCTAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G01690.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G01690.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA02G01000.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
--gtaagttcttgaaacaatctgattcgttaatactgagaacaatgtatttgtgaattgtttgatttgtggatttagccttctctgtttatggttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCAAGGTTTGTGTTGTGGAATGGGAAATTGAGGCCGGTTCCATCGAAGCTAA
   | |  | ||   | |    |       |||| || | |    | | |   | || ||| || |||| | |   |   | || |||| ||  |   | |||| || ||||| || |||||| |  | || ||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||   |||||  |
attttaactattagtagagcgggtactacaaatattgtgtagctagcactc-cgcatagtt-gaattgttggtaatgtggtttcggtttttgcatttggcagGTGGACAGTGGCTTAAAGGATCAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCTCGGTTTGTGTTGTGGAATGGGAAGTTGAGGCCAGTGCCTGGGAAGCCGA

upper sequence: AT4G01690.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv07s0005g02540.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtaagttcttgaaacaatctgattcgttaatactgagaaca-atgtatttgtga-attgtttgatttgtggatttagccttctctgtttatggttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCAAGGTTTGTGTTGTGGAATGGGAAATTGAGGCCGGTTCCATCGAAGCTAA
     || |||      | |||        |  ||| ||   || |   ||  | ||||||  ||||      | |   || | |  || |  ||   | |||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||| ||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||
-ctgttttttgtcgatttttgagctagcgttgttgataatttatttccctgaaacattgttctattttgtaggtaaatgttgtattcttgtt-ttcttgcagGTGGATAGTGGTTTGAAGGATGATCTTGTTTTGGGGGATCCTAATGCACCTAGATTTGTATTGTGGAATGGTAAATTGAGGCCGGTTCCCTCCAAGCCAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86073723|gb|DR369480.1|DR369480
EST:     AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTG                         GTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTAC
genomic: AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTGgtaagttctt ... gttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTAC
EST: gi|86073727|gb|DR369484.1|DR369484
EST:     AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTG                         GTAGATAGTGGTTTG
genomic: AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTGgtaagttctt ... gttagagtagGTAGATAGTGGTTTG
EST: gi|86073725|gb|DR369482.1|DR369482
EST:     AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTG                         GTAGATAGTGATTTGAAGGATGATTT
genomic: AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTGgtaagttctt ... gttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTT
EST: gi|86073726|gb|DR369483.1|DR369483
EST:     AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTG                         GTAGATAGTGGTTAGAAGGATGATT
genomic: AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTGgtaagttctt ... gttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATT
EST: gi|86073724|gb|DR369481.1|DR369481
EST:     AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTG                         GTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCA
genomic: AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTGgtaagttctt ... gttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCA
EST: gi|86073720|gb|DR369477.1|DR369477
EST:     AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTG                         GTAGATAGTGGTTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGGAGATCCTACTG
genomic: AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTGgtaagttctt ... gttagagtagGTAGATAGTGGTTT-GAAGGATGATTTGGTGTTGGG-AGATCCTACTG
EST: gi|125303301|gb|EL317386.1|EL317386
EST:     AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTG                         GTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCA
genomic: AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTGgtaagttctt ... gttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCA
EST: gi|86073722|gb|DR369479.1|DR369479
EST:     AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTG                         GTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCA
genomic: AAGAAGGTCCCAATAGTTTTCAACCGTCTGATCCTATGCTCACTATGGTGgtaagttctt ... gttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttgtgaattgtttgatttgtggatttagccttctctgtttatggttagagtagGTAGATAGTGGTTTGAAGGATGATTTGGTGTTGGGAGATCCTACTGCGCCAAGGTTTGTGTTGTGGAATGGGAAATTGAGGCCGGTTCCATCGAAGCTAA
           gtttgat  putative branch site (score: 5)
       aattgttt  TA-rich tract